Evaluación de cultivares de arroz (Oryza sativa L.) de Vietnam, para su introducción en Cuba

Con el objetivo de evaluar la diversidad fenotípica de ocho cultivares de arroz (Oryza sativa L.) procedentes de Vietnam, para su introducción en los programas de mejora y en la producción en Cuba, apoyados en caracteres morfoagronómicos y técnicas de análisis multivariado, fue desarrollado este trabajo en la Unidad Científico Tecnológica de Base "Los Palacios", perteneciente al Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas de Cuba. Los cultivares vietnamitas se sembraron en campo junto a los comerciales INCA LP-5 e INCA LP-7, para ser caracterizados agronómicamente con la utilización de 29 descriptores cualitativos y 22 cuantitativos. Los resultados mostraron que 16 caracteres cualitativos resultaron homogéneos para los ocho cultivares procedentes de Vietnam y los dos cultivares comerciales cubanos, la asociación entre varios caracteres cuantitativos reafirma la influencia que ejercen algunos componentes sobre el rendimiento, los que son considerados como marcadores para la selección, tres cultivares de procedencia vietnamita (GL301, LCG3-4 y DS1) no pueden ser utilizados en la producción arrocera en Cuba, por su susceptibilidad a Tagosodes. Todos los cultivares mostraron resistencia a Rhizoctonia solani y Sarocladium oryzae y dos (GL 301 y LTH 31) fueron susceptibles a Pyricularia grisea. Los cultivares OM6976, OM5451 y OM8087 alcanzaron valores altos de rendimiento, por lo que pudieran ser utilizados, como progenitores en los programas de mejora, así como cultivares comerciales.

With the objective of evaluating the phenotypic diversity of eight rice cultivars (Oryza sativa L.) from Vietnam, for their introduction in breeding programs and production in Cuba, supported by morphoagronomic characters and multivariate analysis techniques, this work was developed in Scientific and Technological Base Unit belonging to the National Agricultural Sciences Institute of Cuba. The Vietnamese cultivars were planted in the field together with the commercial cultivars INCA LP-5 and INCA LP-7, to be characterized agronomically with the use of 29 qualitative and 22 quantitative descriptors. The results showed that 16 qualitative characters were homogeneous for the eight cultivars from Vietnam and the two Cuban commercial cultivars, the association between various quantitative characters reaffirms the influence exerted by some components on yield, which are considered as markers for selection. Three cultivars of Vietnamese origin (GL301, LCG3-4 and DS1) cannot be used in Cuban rice production, due to their susceptibility to Tagosodes. All cultivars showed resistance to Rhizoctonia solani and Sarocladium oryzae and two (GL 301 and LTH 31) were susceptible to Pyricularia grisea. The OM6976, OM5451 and OM8087 cultivars reached high yield values, so they could be used as parents in breeding programs, as well as commercial cultivars.

Habilidad combinatoria de los caracteres relacionados con la producción de habichuela (Phaseolus vulgaris L.)

Las variedades de habichuela cultivadas en Colombia presentan un bajo potencial de producción, por lo que se hace necesario adelantar programas de mejoramiento, cuya ejecución depende del conocimiento de la habilidad combinatoria de los cultivares disponibles. Con el objetivo de evaluar la acción génica predominante en caracteres de importancia económica, se evaluaron 15 híbridos directos y seis progenitores. Las habilidades combinatorias general (HCG) y específica (HCE), se estimaron con el Método 2 modelo 1 de Griffing, que considera a los progenitores y sus cruzamientos directos. Se midieron los caracteres: número de vainas y producción por planta, peso promedio y longitud de la vaina. Los resultados indicaron efectos genéticos aditivos para longitud de la vaina; por el contrario, el número de vainas y producción por planta, se vieron influenciados por efectos genéticos no aditivos, mientras que el peso promedio de la vaina fue controlado por efectos genéticos, tanto aditivos como no aditivos. Los progenitores 1 y 6 mostraron efectos positivos más altos de HCG, para el peso promedio y longitud de la vaina, mientras los progenitores 5 y 6, lo fueron para la producción de vainas por planta y los progenitores 4 y 5, para el número de vainas por planta. La estimación de HCE más alta para todos los caracteres, se presentó en el hibrido 1x2, siendo la más adecuada para mejorar la producción de la habichuela.

Green bean varieties grown in Colombia have low production potential, therefore it is necessary to carry out plant breeding programs, which execution depends on the knowledge of the combinatorial ability of the available cultivars. To evaluate the predominant gene action in economically important traits 15 direct hybrids and six parents were evaluated. General combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA) were estimated with Griffing's Method 2 model 1, which considers parents and their direct crosses. The characters: number of pods and yield per plant, average weight and pod length were measured. The results indicated additive genetic effects for pod length. In contrast, pod number and yield per plant were influenced by non-additive genetic effects, while average pod weight was controlled by both additive and non-additive genetic effects. Parents 1 and 6 showed higher positive effects of HCG for average pod weight and pod length, while parents 5 and 6 for pod yield per plant and parents 4 and 5 for number of pods per plant. The highest ECGH estimation for all traits was found in the 1x2 hybrid, being the most suitable for improving bean production.

Genetic parameters of agronomic traits and yield components of soybean genotypes in the Colombian Altillanura / Parámetros genéticos de rasgos agronómicos y componentes de rendimiento de genotipos de soja en la Altillanura colombiana

ABSTRACT Soybean cultivation expansion in Colombia has generated the need to seek varieties with high genetic merit. A soybean genetic breeding program seeks to generate varieties with competitive and sustainable yields, and high-quality grain adapted to the conditions of the low tropics. The aim was to determine the genetic parameters and expected gains in quantitative traits of interest in a soybean breeding process using biometric tools. Sixty lines and four commercial varieties were evaluated in an 8x8 alpha lattice design (genotypes x blocks) planted in oxisols from the Altillanura region of Colombia. The estimation of the parameters was performed by applying mixed models with a random-effects adjustment through the REML method. Wide genetic variability was observed for all the evaluated traits, except for plant height. High heritability values were registered for the characters at flowering and maturity. Heritability was high for yield components such as the number of pods and the weight of 100 grains. Overall, the environmental effect was low, with values close to or higher than 1, except for embryonic abortions, number of empty pods, and grain yield. The genetic gain as a mean percentage was high for plant height, moderate for grain yield, and low for the rest of the characters. Moderate heritability and grain yield gain indicate an additive action of the genes ideal for recurrent selection. The most discriminating characters in the evaluated conditions were the grain yield, weight of 100 grains, and number of pods.

RESUMEN La expansión del cultivo de soya en Colombia genera la necesidad de buscar variedades con alto mérito genético y su mejoramiento, la generación de variedades con rendimientos competitivos y con alta calidad de grano, adaptadas a las condiciones del trópico bajo. El objetivo fue determinar, mediante herramientas biométricas, los parámetros genéticos y las ganancias esperadas, en caracteres cuantitativos de interés, para el proceso de mejora de soya. Se evaluaron 60 líneas y 4 variedades comerciales, en un diseño alfa látice 8x8, en oxisoles de la Altillanura. La estimación de los parámetros, se realizó mediante la aplicación de modelos mixtos, con ajuste de efectos aleatorios, por el método REML. Se observó amplia variabilidad genética para todos los rasgos evaluados, exceptuando la altura de planta. Se registraron valores altos de heredabilidad, para los caracteres de floración y madurez. En los componentes de rendimiento, la heredabilidad fue alta para número de vainas y peso de 100 granos. El efecto ambiental fue bajo, con valores cercanos o superiores a 1, con excepción de abortos embrionarios, número de vainas vanas y rendimiento de grano. La ganancia genética, como porcentaje de la media fue alta, para altura de planta; moderada, para rendimiento de grano y baja, para el resto de los caracteres. La heredabilidad y la ganancia moderadas de rendimiento de grano indican una acción aditiva de los genes, ideal para la selección recurrente. Los caracteres más discriminantes en las condiciones evaluadas fueron rendimiento de grano, peso de 100 granos y número de vainas.

Spondias mombin (Anarcadiaceae): molecular characterization and conservation / Spondias mombin (Anarcadiaceae): caracterización molecular y conservación

Abstract Introduction: The fruit of the yellow mombin (Spondias mombin L.) is notable due to its sensory and functional qualities. However, there is little knowledge regarding the genetic diversity of this species, and this would aid the implantation of the cultivation of the fruit as a crop, since current production is based on extractivism. Objective: Evaluate the diversity and genetic structure of natural populations of S. mombin in the state of Mato Grosso, Brazil, through microsatellite molecular markers in order to assist in the implementation of conservation strategies and the collection of genetic resources. Methods: A total of 139 S. mombin individuals were sampled in ten natural populations. PCR amplifications were performed with seven fluorescence-marked microsatellite primers. Genetic diversity was evaluated by the number of alleles, expected (He) and observed heterozygosity (Ho), polymorphic information content (PIC), fixation index (ƒ), rare and exclusive alleles. The genetic structure was evaluated using AMOVA, UPGMA dendrogram and Bayesian statistical analysis. Results: 46 alleles were amplified, which had an average of 6.6 alleles per locus. He was higher than Ho and f was positive, indicating the presence of inbreeding. The PIC ranged from 0.048 to 0.700, and only two loci were poorly informative. We found 27 rare alleles and 16 unique alleles. The largest component of variation was intrapopulational (90.64 %). The estimated gene flow was 1.99, which indicates that there is no genetic isolation between populations, and justifies the FST value (0.0963). The ten populations were grouped into two groups, and two populations constituted an isolated group. The Mantel test demonstrated that the genetic structure is not related to the geographic distance between populations. Conclusion: There is genetic diversity in the populations of S. mombin, which must be conserved in situ or ex situ, due to the diversity they present and because they are promising sources for collection of germplasm.

Resumen Introducción: El fruto amarillo del jobo o yuplón (Spondias mombin L.) destaca por sus cualidades sensoriales y funcionales. Sin embargo, existe poco conocimiento sobre la diversidad genética de esta especie, lo que ayudaría a la implantación del cultivo del fruto como cultivo, ya que la producción actual se basa en el extractivismo. Objetivo: Evaluar la diversidad y estructura genética de poblaciones naturales de S. mombin en el estado de Mato Grosso, Brasil, a través de marcadores moleculares microsatélites para ayudar en la implementación de estrategias de conservación y recolección de recursos genéticos. Métodos: Se muestrearon un total de 139 individuos de S. mombin en diez poblaciones naturales. Las amplificaciones por PCR se realizaron con siete cebadores de microsatélites marcados con fluorescencia. La diversidad genética se evaluó por el número de alelos, heterocigosidad esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (PIC), índice de fijación (ƒ), alelos raros y exclusivos. La estructura genética se evaluó mediante AMOVA, dendrograma UPGMA y análisis estadístico bayesiano. Resultados: Se amplificaron 46 alelos, los cuales tenían un promedio de 6.6 alelos por locus. Fue más alto que Ho y f positivo, lo que indica la presencia de endogamia. El PIC osciló entre 0.048 y 0.700, y solo dos loci fueron poco informativos. Encontramos 27 alelos raros y 16 alelos únicos. El mayor componente de variación fue intrapoblacional (90.64 %). El flujo de genes estimado fue de 1.99, lo que indica que no hay aislamiento genético entre poblaciones y justifica el valor de FST (0.0963). Las diez poblaciones se agruparon en dos grupos y dos poblaciones constituyeron un grupo aislado. La prueba de Mantel demostró que la estructura genética no está relacionada con la distancia geográfica entre poblaciones. Conclusión: Existe diversidad genética en las poblaciones de S. mombin, la cual debe ser conservada in situ o ex situ, por la diversidad que presentan y porque son fuentes promisorias para la recolección de germoplasma.

Selection of somaclonal variants of maracuyá (passiflora Edulis var Flavicarpa. Deneger) tolerants to water deficit / Selección de variantes somaclonales de maracuyá (Passiflora edulis var flavicarpa. Deneger) tolerantes a déficit hídrico

ABSTRACT Climate change will have an impact on the Colombian agricultural sector, by 2050 increases in temperature and distribution of erratic rainfall are expected. Passion fruit cultivation does not tolerate water deficit, it reduces flower induction, generates fruit drop and defoliation. To tackle this problem, somaclonal variants (VS) of passion fruit were selected in-vitro, seeking tolerance to water deficit. Four phases were developed: I) callogenesis, II) direct and indirect organogenesis, II) Induction and evaluation of the water deficit with Polyethylene glycol 6000 (PEG 6000) and IV) in vitro selection of VS by morphometric measurements, chlorophyll and total sugars contents. Differences in callogenesis were found with different concentrations of 2,4-D, the concentration of 2 mg L-1 presented better results producing calluses in less time and in greater quantity (8 days, 90% of the leaf area). In indirect and direct organogenesis the medium MS + ANA + BAP (0.3: 0.6), showed significant statistical differences with respect to other means, for the variables root length (15.14 cm), stem (16.72 cm) and leaves ( 14.51 cm) and root thickness (0.76 cm) stem (1.25) and leaf width (6.75). The influence of PEG 6000 showed significant differences, the treatment with 30 g L-1 showed the smallest leaf width, the greatest width was found in 25 g L1. Statistical differences were found in chlorophyll levels and total sugar contents, the highest contents were recorded in the VS 25VS1, showing the possibility of obtaining seedlings tolerant to the water deficit of passion fruit by inducing somaclonal variation.

RESUMEN El cambio climático tendrá impactos en el sector agropecuario colombiano, para el 2050 se prevén aumentos de temperatura y distribución de lluvias erráticas. El cultivo de maracuyá no tolera el déficit hídrico, este disminuye la inducción floral, genera caída de frutos y defoliación. Para abordar esta problemática se seleccionaron in-vitro variantes somaclonales (VS) de maracuyá, buscando tolerancia al déficit hídrico. Se desarrollaron cuatro fases: I) callogénesis, II) organogénesis directa e indirecta, III) Inducción y evaluación del déficit hídrico con Polientilenglicol 6000 (PEG 6000) y IV) selección in vitro de VS por mediciones morfométricas, contenidos de clorofila y azúcares totales. Se hallaron diferencias en callogénesis con diferentes concentraciones de 2,4-D, la concentración de 2 mg-L-1 presentó mejores resultados produciendo callos en menor tiempo y en mayor cantidad (8 días, 90% del área foliar); en organogénesis indirecta y directa el medio MS + ANA + BAP (0.3:0.6), mostró diferencias estadísticas significativas respecto a otros medios, para las variables longitud de raíz (15.14 cm), tallo (16.72 cm) y hojas (14.51 cm) y grosor de raíz (0.76 cm) tallo (1.25) y ancho de hojas (6.75). La influencia de PEG 6000 mostró diferencias significativas, el tratamiento con 30 g-L-1 mostró menor ancho de hojas, el mayor ancho se encontró en 25 g-L-1. Se hallaron diferencias estadísticas en niveles de clorofila y contenidos de azúcares totales, los mayores contenidos se registraron en el VS 25VS1, mostrando la posibilidad de obtener plántulas tolerantes al déficit hídrico de maracuyá mediante la inducción de variación somaclonal.

Análisis de la variabilidad genética de una muestra de la población de Bogotá: hacia la constitución de un mapa de haplotipos / Genetic variability analysis in a population from Bogotá: Towards a haplotype map

Resumen Introducción. Los proyectos del mapa de haplotipos (HapMap) y de los 1.000 genomas han sido fundamentales para la compresión del componente genético de las enfermedades comunes y los fenotipos normales. Sin embargo, la variabilidad genética colombiana incluida en estos proyectos no es representativa del país. Objetivo. Contribuir al conocimiento de la variabilidad genética de la población colombiana a partir del estudio genómico de una muestra de individuos de Bogotá. Materiales y métodos. Se genotipificaron 2'372.784 marcadores genéticos de 32 individuos nacidos en Bogotá y de padres originarios de la misma ciudad utilizando la plataforma Illumina™. Los niveles de variabilidad genética se determinaron y se compararon con los datos disponibles de otras poblaciones del proyecto de los 1.000 genomas. Resultados. Los individuos analizados presentaron una variabilidad genética semejante a la de poblaciones con las que comparten ancestros. No obstante, a pesar de la poca diferenciación genética detectada en la población de Bogotá y en la de Medellín, el análisis de los componentes principales sugiere una composición genética diferente en las dos poblaciones. Conclusiones. El análisis genómico de la muestra de Bogotá permitió detectar similitudes y diferencias con otras poblaciones americanas. El aumento de tamaño de la muestra bogotana y la inclusión de muestras de otras regiones del país permitirán una mejor compresión de la variabilidad genética en Colombia, lo cual es fundamental para los estudios de salud humana, y la prevención y el tratamiento de enfermedades comunes en el país.

Abstract Introduction: The HapMap and the 1000 Genomes projects have been important for understanding the genetic component of common diseases and normal phenotypes. However, the Colombian genetic variability included in these projects is not fully representative of our country. Objective: To contribute to the knowledge of the Colombian genetic variability through the genomic study of a sample of individuals from Bogotá. Materials and methods: A total of 2,372,784 genetic markers were genotyped in 32 individuals born in Bogotá whose parents are from the same region, using the Illumina™ platform. The genetic variability levels were determined and compared with the data available from other populations of the 1000 Genomes Project. Results: The genetic variability detected in the individuals from Bogotá was similar to those with shared ancestry. However, despite the low levels of genetic differentiation between Bogotá and Medellín, populations the principal component analysis suggested a different genetic composition in them. Conclusions: Our genomic analysis of a Bogotá sample allowed us to detect similarities and differences with other American populations. The increase of the Bogotá sample and the inclusion of samples from other regions of the country will improve our understanding of the genetic variability in Colombia, essential for studies of human health and the prevention and treatment of common diseases in our country.

Parameters and genetic trends for reproductive characteristics of a closed Angus herd / Parámetros y tendencias genéticas de características reprodutivas de um rebaño cerrado Angus / Parâmetros e tendências de carcaterísticas reprodutivas de um rebanho fechado Angus

Abstract Background: Closed breeding populations are useful to conduct basic and applied research. The Wye Angus herd is one of them. It was founded using only a few animals. The pedigree of the descendants of the original herd can be completely described by historical records resulting from strong selection. Wye Angus genetics has influenced that of Aberdeen Angus, Red Angus, and Brangus cattle worldwide. Objective: To evaluate parameters and genetic trends associated with the reproduction traits of the Wye Angus herd between the years 1937 and 2012. Methods: We used pedigree information of 11,692 individuals. The reproductive traits assessed were age at first calving (AFC), calving interval (CI), and scrotal circumference (SC). The covariance components were estimated by Bayesian inference. The genetic trends were obtained by linear regression of the genetic values over birth years of the animals. Results: The heritability estimates for AFC, and CI were negligible, although a small genetic gain was associated with CI. Because the AFC and CI values of the herd are small, past reproductive management has produced favourable results for the heifers. Conclusion: The Wye Angus herd has enough genetic variability for genetic gain through selection on SC.

Resumen Antecedentes: Las poblaciones reproductivas cerradas son útiles para realizar investigacion básica y aplicada. El hato Wye Angus es uno de ellos. Fue fundado utilizando sólo unos pocos animales. El pedigrí de los descendientes del hato original puede describirse completamente mediante registros históricos resultantes de una fuerte selección. La genética del Wye Angus ha influido en la del Aberdeen Angus, Red Angus y Brangus en todo el mundo. Objetivo: Evaluar los parámetros y las tendencias genéticas de características reproductivas del rebaño Wye Angus en el periodo entre 1937 y 2012. Métodos: Utilizamos información de pedigrí de 11.692 individuos. Las características evaluadas fueron circunferencia escrotal (SC), edad al primer parto (AFC) y el intervalo entre partos (CI). Los componentes de (co)variancia fueron obtenidos mediante metodología Bayesiana. Las tendencias genéticas fueron obtenidas por regresión lineal ponderada de los valores genéticos sobre el año de nacimiento del animal. Resultados: Las estimaciones de heredabilidad para AFC y CI fueron insignificantes, aunque se asoció un pequeño beneficio genético con CI. Sin embargo, la AFC y el CI del rebaño son bajos, indicando que el manejo reproductivo ha traído resultados favorables para las novillas. Conclusion: El rebaño Wye Angus posee suficiente variabilidad genética para la ganancia genética por medio de la selección para SC.

Resumo Antecedentes: O rebanho Wye Angus foi fundado a partir de poucos animais e destaca-se por ser um rebanho fechado, com informações completas de pedigree e forte seleção, oferecendo vantagens únicas em termos de realização de pesquisas em melhoramento genético animal. Além disso, a genética de Wye Angus tem influenciado os de Aberdeen Angus, Red Angus e Brangus em todo o mundo. Objetivo: Avaliar os parâmetros genéticos e tendências de características reprodutivas do rebanho Wye Angus no período entre 1937 e 2012. Métodos: Foram usadas informações do pedigree de 11.692 individuos. As características avaliadas foram: perímetro escrotal (SC), idade ao primeiro parto (AFC), e do intervalo entre partos (CI). Componentes de (co) variância foram obtidos por meio da metodologia Bayesiana. As tendências genéticas foram obtidas por regressão linear ponderada dos valores genéticos sobre o ano de nascimento do animal. Resultados: Hereditariedade para AFC e CI foram insignificantes, embora um pequeno ganho genético tenha sido associado a CI. No entanto, os valores para AFC e CI do rebanho são baixos, indicando que o manejo reprodutivo trouxe resultados favoráveis para as novilhas. Conclusão: O rebanho Wye Angus tem variabilidade genética suficiente para ganho genético através de seleção para SC.

Prueba de interacción en el análisis molecular de varianza / Test of interaction in the analysis of molecular variance

La diversidad genómica, expresada en las diferencias entre haplotipos moleculares de un conjunto de individuos, puede dividirse en componentes de variabilidad entre y dentro de algún factor de clasificación de los individuos. Para tal partición de varianzas, se usa análisis molecular de la varianza (AMOVA), el cual se construye a partir de las distancias multivariadas entre pares de haplotipos. El AMOVA clásico permite evaluar la significancia estadística de dos o más factores jerárquicos y consecuentemente no existe prueba de interacción entre factores. Sin embargo, existen situaciones donde los factores que clasifican a los individuos están cruzados y no anidados, es decir todos los niveles de un factor se encuentran representados en cada nivel del otro factor. Este trabajo propone una prueba estadística para evaluar la interacción entre factores cruzados en un AMOVA No-Jerárquico. La hipótesis nula de interacción establece que las diferencias moleculares entre individuos de distintos niveles de un factor son las mismas para todos los niveles del otro factor que los clasifica. La propuesta de análisis de interacción de factores a partir de distancias en un AMOVA No-Jerárquico comprende: cálculo de la matriz de distancia y partición de la misma en bloques, posterior cálculo de residuos y análisis de varianza no-paramétrico sobre los residuos. Su implementación es ilustrada en escenarios simulados y real. Los resultados sugieren que la prueba de interacción propuesta para el AMOVA No- Jerárquico presenta alta potencia.

The genomic diversity, expressed in the differences between molecular haplotypes of a group of individuals, can be divided into components of variability between and within some factor of classification of the individuals. For such variance partitioning, molecular analysis of variance (AMOVA) is used, which is constructed from the multivariate distances between pairs of haplotypes. The classical AMOVA allows the evaluation of the statistical significance of two or more hierarchical factors and consequently there is no interaction test between factors. However, there are situations where the factors that classify individuals are crossed rather than nested, that is, all the levels of a factor are represented in each level of the other one. This paper proposes a statistical test to evaluate the interaction between crossed factors in a Non-Hierarchical AMOVA. The null hypothesis of interaction establishes that the molecular differences between individuals of different levels of a factor are the same for all the levels of the other factor that classifies them. The proposed analysis of interaction in a Non- Hierarchical AMOVA includes: calculation of the distance matrix and partition of it into blocks, subsequent calculation of residuals and analysis of non-parametric variance on the residuals. Its implementation is illustrated in simulated and real scenarios. The results suggest that the proposed interaction test for the Non-Hierarchical AMOVA presents high power.

Baja variabilidad y diferenciación genética poblacional en la "lisa", Mugil incilis (Teleostei: Mugilidae) del Caribe colombiano

La "Lisa" Mugil incilis, es uno de los recursos ícticos más importante de la industria pesquera artesanal del Caribe de Colombia. Sin embargo, sus poblaciones llevan siendo sobreexplotadas por décadas, que en conjunto con el deterioro de su hábitat podrían estar causando un efecto negativo en la variabilidad genética de las mismas. Con el objetivo de generar información científica que permita apoyar decisiones y políticas más adecuadas de manejo pesquero y conservación se evaluó la variabilidad y la estructura genética de M. incilis a lo largo de la costa del Caribe de Colombia. Se seleccionaron seis sistemas costeros, entre ellos tres lagunas costeras de acceso abierto a la pesca (Ciénaga La Virgen, Ciénaga La Caimanera y Bahía de Cispatá) y tres santuarios de fauna y flora de la red de Parques Nacionales Naturales de Colombia (los santuarios de fauna y flora Los Flamencos, Ciénaga Grande de Santa Marta y El Corchal). Se utilizaron siete loci microsatélites, los cuales revelaron 94 alelos con un promedio de 11.6 alelos por locus. Los valores de variabilidad genética en todos los sitios de muestreo fueron bajos (Ho = 0.108-0.402), aunque demostraron tener un alto potencial genético (He = 0.772-0.868). Se encontró que todos los loci presentaron desequilibrio de Hardy-Weinberg debido a una deficiencia de heterocigotos. Esto fue concordante con los eventos de cuellos de botellas recientes que se determinaron en todas las lagunas y las causas pueden ser la sobrepesca y la presencia de alelos nulos. Los resultados del análisis de estructuración genética demostraron la existencia de tres poblaciones, una conformada por las localidades ubicadas desde el sector de La Guajira hasta Sucre y una segunda en Bahía de Cispatá y la tercera en la Ciénaga La Caimanera. Este estudio sugiere que los procesos involucrados en el nivel de aprovechamiento pesquero, en el ciclo reproductivo y en las condiciones oceanográficas de la región del Caribe Sur determinan la variabilidad y estructura genética de M. incilis. Se proponen recomendaciones para el manejo y conservación de M. incilis.

The "Mullet" Mugil incilis is one of the most important fish resources of the artisanal fishing industry of the Colombian Caribbean. However, their populations are being overexploited for decades, which together with the deterioration of their habitat could be causing a negative effect on the genetic variability of their populations. In order to generate scientific information to support decisions and more appropriate fisheries management and conservation policies, the variability and genetic structure of M. incilis along the Caribbean coast of Colombia was evaluated. Six coastal systems were selected, including three coastal lagoon systems with open access to fishing (Ciénaga La Virgen, Ciénaga La Caimanera and Bahía de Cispatá) and three coastal lagoons belonging to fauna and flora sanctuaries of the network of National Natural Parks of Colombia (Los Flamencos, Ciénaga Grande de Santa Marta and El Corchal). Seven microsatellite loci were used, which revealed 94 alleles with an average of 11.6 alleles per locus. The values of genetic variability in all sampling sites were low (Ho = 0.108-0.402), although they showed a high genetic potential (He = 0.772-0.868). All the loci presented departures from the Hardy-Weinberg expectations due to a deficiency of heterozygotes. This was in agreement with the events of recent bottlenecks that were determined in all the lagoons and the causes could be overfishing and the presence of null alleles. The analysis of genetic structuring revealed the existence of two populations, one formed by the localities located from La Guajira to Sucre; a second in Bahía de Cispatá and the third one in Ciénaga La Caimanera. This study suggests that the processes involved in the level of fishing exploitation, in the reproductive cycle and in the oceanographic conditions of the South Caribbean region determine the genetic variability and structure of M. incilis. Recommendations for the management and conservation of M. incilis are proposed.

Genetic diversity in Mexican wild populations of the Great Curassow (Crax rubra) / Diversidad genética en poblaciones silvestres mexicanas del hocofaisán (Crax rubra)

Abstract The Great Curassow (Crax rubra) is a Neotropical bird with a wide distribution; it is classified under different threat categories and is listed as a vulnerable species by the IUCN. The Official Mexican Standard, the NOM-059-SEMARNAT-2010, indicates that the Great Curassow is a threatened species, and the subspecies Crax rubra griscomi, which is restricted to the island of Cozumel, is classified as critically endangered. Habitat loss and fragmentation, hunting, overexploitation, and illegal trade are among the main factors that have placed the bird at an endangered status. The objective of the present study was to determine the genetic structure and variation of the species within the Mexican populations of Crax rubra by using three mitochondrial markers, and one nuclear marker (COI, ND2, Cyt b, and MUSK). We used 47 samples obtained by noninvasive collection (feathers) including the two different color phases of the female plumage: dark brown and barred (rare in Mexico). Gene flow between the remaining populations is recent and extensive, even between the continental and the island population (C. r. griscomi). The results indicate that the subspecies C. r. rubra and C. r. griscomi do not present a marked genetic differentiation because the second exhibits an exclusive haplotype and a shared haplotype. With this study, we provide the first genetic-geographic approximation of the curassow in Mexico, where a gradual geographic differentiation is observed between the western and eastern populations of the Isthmus of Tehuantepec, and we provide a baseline for future studies. Finally, the information obtained indicates that important genetic diversity persists in the Mexican populations of the Great Curassow and that sufficient conservation within the ecosystems of these subspecies can be obtained by protecting them from overexploitation and by conserving and restoring their habitat.

Resumen El hocofaisán (Crax rubra) es un ave de la región Neotropical con amplia distribución, que se encuentra en diferentes categorías de riesgo, por la IUCN está catalogada como una especie Vulnerable. A nivel nacional, dentro de la NOM-059-SEMARNAT-2010 está considerada como una especie amenazada, y la subespecie Crax rubra griscomi restringida a la isla de Cozumel, está categorizada como en peligro de extinción. Entre los factores principales por los que se encuentra en grave riesgo, destacan la pérdida y fragmentación del hábitat, la cacería, la sobreexplotación, la extracción y el comercio ilegal. El objetivo del presente estudio es conocer la estructura y variación genética de la especie dentro de las poblaciones silvestres mexicanas de Crax rubra, mediante el uso de tres marcadores mitocondriales y uno nuclear (COI, ND2, Cyt b y MUSK). A partir de 47 muestras obtenidas mediante colecta no invasiva (plumas) que incluyen las dos fases de plumaje de la hembra: café oscura y barrada (rara en México). Se observó que el flujo génico entre las poblaciones remanentes es reciente y extenso, incluso entre las poblaciones continentales y la isleña (C. r. griscomi). Los resultados indican que las subespecies C. r. rubra y C. r. griscomi no presentan una marcada diferenciación genética dado que la segunda presentó un haplotipo exclusivo y uno compartido. Con el presente estudio brindamos la primera aproximación genético-geográfica del hocofaisán en México y una línea de base para futuros estudios, en el que se observa una diferenciación geográfica gradual entre las poblaciones del oeste y del este del Istmo de Tehuantepec. Finalmente, la información obtenida indica que en las poblaciones mexicanas del hocofaisán persiste una diversidad genética importante y que su conservación en los ecosistemas puede ser suficiente mediante la protección a la sobreexplotación, la conservación y restauración de su hábitat.

La arquitectura genética como herramienta de análisis del mapa genotipo-fenotipo / Genetic architecture as an analysis tool of the genotype-phenotype map

El estudio de la relación entre el genotipo y el fenotipo es de gran importancia para las investigaciones en genética y en las ciencias de la vida en general. A diferencia de la concepción tradicional de esta relación como un conjunto invariante de parámetros, el enfoque actual utiliza la arquitectura genética, una herramienta realista y dinámica que permite elucidar el mapa genotipo-fenotipo, ahora considerado una estructura en evolución. De las complejas relaciones entre los elementos del mapa genotipo-fenotipo surgen diversas propiedades emergentes que pueden explicar distintos fenómenos evolutivos. Además, algunas de estas propiedades promueven la acumulación de variabilidad genética en poblaciones naturales, la cual constituye el sustrato de procesos evolutivos como la selección natural. La caracterización y análisis de la arquitectura genética de caracteres adaptativos constituye una herramienta eficaz para comprender los procesos genéticos subyacentes al cambio evolutivo.

Studying the relationship between genotype and phenotype is of great importance for genetics and life science studies in general. In contrast with the traditional view of this relationship as an invariant set of parameters, the current approach incorporates the concept of genetic architecture, a realistic and dynamic tool that allows to elucidate the genotype-phenotype map, which is now regarded as an evolving structure. From the complex relationships between the elements in the genotype-phenotype map several emergent properties arise that can explain different evolutionary phenomena. Moreover, some of these properties promote the accumulation of genetic variability in natural populations, which constitutes the substrate to evolutionary processes such as natural selection. The characterization and analysis of the genetic architecture of adaptive traits constitutes a powerful tool to understand the genetics underpinnings of evolution.

Genetic variation and genetic structure of Caranx hippos (Teleostei: Carangidae) in the Colombian Caribbean / Variación y estructura genética de Caranx hippos(Teleostei: Carangidae) en el Caribe de Colombia

Abstract The crevalle jack Caranx hippos, has a wide distribution in the Western Atlantic, becoming one of the most economically important species in the artisanal fishing industry in Colombia. However, little is known about its biology. The present study aimed to evaluate the variation and genetic structure of C. Hippos in the Colombian Caribbean by analyzing the mitochondrial DNA region control and cytochrome oxidase subunit (COI). We sequenced the DNA of 153 muscle samples collected from specimens obtained from six fishing ports. The results showed 21 haplotypes for COI and 116 haplotypes for the control region, divided into two lineages that do not exhibit a pattern of geographical distribution. For mitochondrial control region, the estimated haplotype diversity (Hd) presented relatively high values (Hd= 0.99 and = 0.1), while for COI results were Hd = 0.68 and = 0.01; the relationship between haplotype and nucleotide diversity and the neutrality test revealed that C. Hippos experienced bottlenecking and a subsequent rapid population expansion. Estimates of genetic structure were low and insignificant, indicating no differentiation between samples collected from geographical isolation. This suggests that for the Colombian Caribbean there is a panmictic population of C. hippos. However, variations were found at population levels, especially in La Guajira, Turbo and San Antero, which, when compared to those included for Brazil and México, demonstrated that unique haplotypes in La Guajira are more aligned to the Brazilian populations, by means of the influence of the Caribbean Current, whilst those from Turbo and San Antero are more frequent in haplotypes originating from Mexico. Future studies should focus the understanding of these processes. Rev. Biol. Trop. 66(1): 122-135. Epub 2018 March 01.

Resumen El jurelCaranx hipposes considerado una de las principales especies objeto de la pesquería artesanal en aguas colombianas; sin embargo, es poco lo que se conoce respecto a su estructura poblacional. El presente estudio propuso evaluar la variación y estructura genética en el Caribe colombiano a partir del análisis de la región control y la subunidad citocromo oxidasa I (COI) del ADN mitocondrial. Secuenciamos el ADN de 153 muestras de músculo recolectadas de ejemplares desembarcados en seis puertos pesqueros. Los resultados mostraron 21 haplotipos para COI y 116 haplotipos para la región control, distribuidos en dos linajes que no presentan un patrón de distribución geográfica. Para la región control la diversidad genética fue alta (Hd=0.99 y π = 0.1), mientras que para COI los resultados fueron Hd=0.68 y π =0.01, esto mostró que probablemente C. hipos pasó por un evento que provocó la disminución drástica de la población y posteriormente tuvo un crecimiento rápido. Las estimaciones del grado de estructuración genética fueron bajas y poco significativas indicando la ausencia de diferenciación entre las muestras recolectadas a partir de un aislamiento geográfico, esto sugiere que la población de C. hipos es panmictica; sin embargo, se hallaron variaciones a nivel intrapoblacional especialmente en La Guajira, Turbo y San Antero, los cuales al ser comparados con los haplotipos incluidos de Brasil y México se encontró que el único haplotipo hallado en La Guajira está alineado con el de Brasil, facilitado probablemente por la corriente del Caribe, mientras que los de Turbo y San Antero con los de México.

The effects of fragmentation on the genetic structure of Theobroma speciosum (Malvaceae) populations in Mato Grosso, Brazil / Efectos de la fragmentación en la estructura genética de las poblaciones de Theobroma speciosum (Malvaceae) en Mato Grosso, Brazil

Abstract Native Theobroma species, such as cacauhy, are losing their habitat due to the intense forest fragmentation in the Amazon region, and preserving their genetic diversity has been the focus of many conservation programs. The aim of the present study is to assess whether fragmentation and habitat reduction affect its genetic structure and lead to genetic diversity losses in natural Theobroma speciosum populations. The study was conducted in two Mato Grosso State (Brazil) locations: Apiacás and Alta Floresta counties. Juruena National Park (JNP) in Apiacás County holds a natural T. speciosum population that has not suffered anthropic influences. A population composed of individuals from three anthropized urban forest parks (UF) in Alta Floresta County was analyzed for comparison. The leaves of 75 T. speciosum individuals distributed in the urban forest fragments and of 100 individuals found in the Juruena National Park were sampled. All nine microsatellite loci showed high polymorphism levels between categories (adults and sub-adults), in both populations. The sub-adult individuals of the fragmented area had a higher value (0.71), and the preserved population, the same value (0.69). The analysis of molecular variance showed 83 % genetic diversity within categories; 16 %, between populations; and only 1 %, between categories. Although the effects were small, a persistent fragmentation process can increase inbreeding and facilitate genetic drift, leading T. speciosum populations to inbreeding depression and loss of diversity. Rev. Biol. Trop. 66(1): 218-226. Epub 2018 March 01.

Resumen Las especies nativas de Theobroma, como cacauhy, están perdiendo su hábitat debido a la intensa fragmentación forestal en la región amazónica. Por lo tanto, preservar la diversidad genética ha sido el objetivo principal de la mayoría de los programas de conservación. El objetivo de este estudio fue evaluar si la fragmentación y la reducción del hábitat afectan la estructura genética y causan la pérdida de diversidad genética en poblaciones naturales de Theobroma speciosum. El estudio se realizó en dos localidades del estado de Mato Grosso, Mato Grosso, Brasil, en el municipio de Apiacás, se consideró una población natural de T. speciosum sin influencia antrópica, ubicada en el Parque Nacional Juruena (JNP) y en el municipio De Alta Floresta se analizó una población compuesta por individuos de tres parques forestales urbanos antropizados (UF). Fueron muestreadas las hojas de 75 individuos de T. speciosum de los fragmentos de bosque urbano y 100 individuos del Parque Nacional de Juruena. Los nueve loci microsatélites mostraron altos niveles de polimorfismo entre las categorías (adultos y sub-adultos) en ambas poblaciones. En la población media, los individuos sub-adultos fragmentados de la población (UF) mostraron un mayor valor de f (0.71), mientras que la categoría de población preservada (JNP) presentó valores iguales entre sí (0.69). El análisis de la varianza molecular mostró que la mayoría de la diversidad genética está dentro de las categorías (83 %), mientras que el 16 % se encuentra entre la población y sólo el 1 % entre las categorías. Aunque los efectos fueron pequeños, si el proceso de fragmentación persistente puede aumentar los niveles de endogamia y facilitar la acción de la deriva genética. En el curso de varias generaciones, estos efectos pueden conducir a la depresión endogámica, la pérdida de diversidad y la alteración de la estructura genética de poblaciones de T. speciosum.

La diversidad genética y la variabilidad genética: dos conceptos diferentes asociados al germoplasma y al mejoramiento genético vegetal / Genetic diversity and genetic variability: two different concepts associated to plant germplasm and breeding

En este trabajo se diferencian a los recursos fitogenéticos in situ y ex situ para protección y conservación, de aquellos recursos que colecciona, mantiene y utiliza el hombre para su subsistencia desarrollando variedades cultivadas obtenidas por cualquier método de selección artificial. La imprecisión, confusión y distorsión encontradas en muchos trabajos relacionados al tema aquí planteado, con respecto a la terminología, su significado, sus alcances y sus consecuencias, motivaron el desarrollo de este trabajo de opinión. En mejoramiento, las colecciones de trabajo son utilizadas como una fuente de variabilidad y adaptación. En ese proceso de obtención de cultivares, indefectiblemente, se utiliza sólo una parte de la variabilidad genética del inicio, que se restringe en cada ciclo selectivo. La confusión mencionada con respecto a la pérdida de variabilidad genética se debe a que las mayores probabilidades de éxito en un programa de mejoramiento estarán asociadas a la disponibilidad de una amplia variabilidad genética en la colección de trabajo base del mejoramiento y no en el cultivar obtenido. La diversidad genética se conserva y protege en otro ámbito y con otras disciplinas. La variabilidad genética se re-utiliza y elimina selectivamente para obtener nuevos cultivares en los procesos de selección artificial. El hombre, al obtener variedades primitivas o nuevos cultivares modernos, siempre perdió variabilidad genética con respecto a la población que le dio origen, como consecuencia del mismo proceso selectivo. Ante ese contexto, respetando la biodiversidad, se puede mantener la productividad agrícola a largo plazo con el aporte concreto del mejoramiento genético.

This paper differentiates plant genetic resources maintained in situ and ex situ for protection and conservation, from those resources that man collects, maintains and uses for his subsistence by developing cultivated varieties through any artificial selection method. The imprecision, confusion and distortion found in many papers related to the issue raised here with respect to terminology, its meaning, its scope and its consequences, motivated the development of this opinion work. In plant breeding working collections are used as a source of variability and adaptation. In this process, unfailingly, only a part of the genetic variability is used, which is restricted in each selective cycle since the purpose of this process is to obtain new cultivars. In the selection process there is always a loss of genetic variability with respect to the population that gave rise to it. The confusion mentioned with respect to the loss of genetic variability resides in the following: the greater probabilities of success in a plant breeding program will be associated to the availability of a wide genetic variability in the starting elite collection and not in the obtained cultivar. One of the reiterated concepts attributes the loss of genetic variability to the advent of new cultivars and the narrow genetic base that they represent. The loss of genetic variability is a consequence of the achievement of genetic progress in plant breeding. In this context, the respect for diversity in protected areas and agrobiodiversity in agricultural areas, is the way for producing profitable yields while maintaining the long-term productivity as a result of the implementation of plant breeding.

Caracterización genética de cuatro poblaciones de ovinos criollos de Argentina / Genetic characterization of four populations of Argentinian creole sheep

Los ovinos criollos son los fundadores de la ganadería ovina en la Argentina y han contribuido de manera sostenida al desarrollo económico, social y cultural de algunas regiones del país. A pesar de ello, es un recurso zoogenético escasamente valorizado y por ende poco estudiado. En orden de caracterizar genéticamente a los ovinos criollos argentinos, se tomaron muestras de ADN de cuatro poblaciones representativas localizadas en las provincias de Buenos Aires, Corrientes, Santiago del Estero y Salta. Estas majadas se seleccionaron por ser grupos conservados, que presentan las características fenotípicas de la raza y no registran la introducción de animales de otras razas en el sistema de reproducción. Un total de 30 marcadores microsatélites y la región D-loop del ADN mitocondrial fueron analizados. El análisis de los microsatélites permitió evidenciar una alta diversidad genética intrapoblacional (Ho= 0,676; He= 0,685; PIC= 0,713). Dicha variabilidad es explicada por diferencias entre los patrones moleculares de los individuos estudiados que pueden clasificarse en 3 grupos de poblaciones significativamente diferentes: BA, SA, SE+CO. Dado que dichas poblaciones explican muy poco de la variabilidad total (7,6%), ellas deberían considerarse perteneciente a una misma raza. El análisis del D-loop mitocondrial demostró que los individuos analizados están relacionados con el haplogrupo asiático, el cual está ampliamente distribuido en las razas españolas que son las antecesoras de la raza criolla argentina. Los resultados obtenidos en este trabajo proveerán información para establecer criterios de manejo de este recurso genético de Argentina con el fin de implementar planes de conservación, recuperación y/o mejora de los programas.

Creole sheep are the founders of sheep farming in Argentina and have contributed in a sustained way to the economic, social and cultural development of some regions of this country. However, it is a scarcely valorised and poorly studied genetic resource. In order to genetically characterize the Argentinian Creole sheep, DNA samples were taken from four representative populations located in the provinces of Buenos Aires, Corrientes, Santiago del Estero and Salta. These flocks were selected because they are considered to be conserved groups, they have the phenotypic characteristics of the creole breed and there are no records about the introduction of animals of other breeds into those systems. A total of 30 microsatellites and the D-loop region of mitochondrial DNA were analysed. Microsatellite analysis showed high level of genetic diversity within populations (Ho= 0.676; He= 0.685; PIC= 0.713). This variability is explained by differences between molecular patterns of the studied individuals, which can be classified into three significantly different population groups: BA, SA, SE+CO. Since these populations explain very little of the total variability (7.6%), it can be considered that they belong to a same race. The analysis of the mitochondrial D-loop showed that Argentinian Creole sheep have haplotypes belonging to the Asian haplogroup, which is widely distributed in the Spanish breeds, which are considered to be their ancestors. The results obtained in the present study will provide information to develop management criteria for this genetic resource in Argentina, in order to implement their conservation, recovery and/or to develop breeding programs.

Variabilidad genética de aislados del complejo Candida parapsilosis en dos servicios de un hospital terciario de la Ciudad de México / Genetic variability of isolates of Candida parapsilosis complex in two services of a tertiary hospital in Mexico City

La infección causada por el complejo Candida parapsilosis puede presentarse esporádicamente o en forma de brotes, por lo que el estudio de la variabilidad genética de los aislados clínicos puede revelar la presencia de genotipos endémicos y la ocurrencia de transmisión horizontal. Este estudio analizó, mediante Amplificación al Azar del ADN Polimórfico (RAPD) con cuatro oligonucleótidos (M13, AP3, T3B y R108), la variabilidad genética de 11 aislados clínicos del complejo C. parapsilosis, obtenidos en los servicios de Medicina Interna y Cirugía General de un hospital de la Ciudad de México, e identificar si los pacientes fueron infectados por el mismo genotipo. La cepa ATCC® 22019™ fue incluida en el análisis. Los aislados se identificaron por VITEK 2 Compact® y PCR. Con base en los perfiles polimórficos,se construyó un dendrograma por UPGMA y se calcularon el coeficiente de correlación cofenética(CCCr), el índice de asociación (I A) y los indicadores de diversidad genética. Todos los aislados fueron identificados como C. parapsilosis sensu stricto. El dendrograma mostró dos grupos (I y II), en el I se encontraron tres genotipos integrados por la cepa 22019 y cinco aislados asociados en su mayoría a candidiasis invasiva; el II mostró seis genotipos integrados por seis aislados asociados en su mayoría a candidiasis mucocutánea. El I A y los indicadores de diversidad genética obtenidos revelaron un sistema de reproducción recombinante. El RAPD con los oligonucleótidos M13, AP3, T3B y R108 es útil en la investigación de posibles brotes causados por C. parapsilosis y en la determinación de su variabilidad genética.

The infection caused by the Candida parapsilosis complex may occur sporadically or in the form of outbreaks, so the study of the genetic variability in clinical isolates may reveal the presence of endemic genotypes and the occurrence of horizontal transmission. This study analyzed the genetic variability of 11 clinical isolates of the C. parapsilosis complex obtained from Internal Medicine and General Surgery services of a hospital in Mexico City, using Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD) with four oligonucleotides (M13, AP3, T3B and R108), also evaluated whether the patients were infected by the same genotype. The strain ATCC® 22019 ™ was included in the analysis. Isolates were identified by VITEK 2 Compact® and PCR. With the polymorphic profiles, a dendrogram was constructed by UPGMA and the cophenetic correlation coefficient (CCCr), the association index (I A), and the indicators of genetic diversity were calculated. All isolates were identified as C. parapsilosis sensu stricto. The dendrogram showed two groups (I and II). Three genotypes integrated by the strain 22019 and five isolates, mostly associated with invasive candidiasis, were found in the group I. The group II showed six genotypes composed of six isolates, mostly associated with mucocutaneous candidiasis. The I A and the indicators of genetic diversity obtained, revealed a recombinant reproduction system. The RAPD with the oligonucleotides M13, AP3, T3B and R108 is useful in the investigation of possible outbreaks caused by C. parapsilosis and in the determination of their genetic variability.

Diversity and spatial genetic structure of a natural population of Theobroma speciosum (Malvaceae) in the Brazilian Amazon / Diversidad y estructura genética espacial de una población natural de Theobroma speciosum (Malvaceae) en la Amazonía brasileña

Abstract:The quantification of genetic diversity and intrapopulation spatial genetic structure (SGS) of tree species are important aspects for in and ex situ conservation practices. In this study we seek to understand the importance of conservation areas by quantifying the genetic diversity and the spatial genetic structure of a natural population of Theobroma speciosum. Within this population, 49 adults and 51 subadults were genotyped for five microsatellite loci. The results showed that adults and subadults have similar levels of genetic diversity and inbreeding (adults: A= 10.4, Ae = 10.3, F= 0.68, subadults: A= 10.6, Ae= 10.6, F= 0.57). Genetic diversity was spatially structured within the population, and the results suggest that near-neighbor trees up to a distance of 70 m are likely related. SGS is likely the result of short-distance seed dispersal, the short-distance range of pollinators, and infrequent breaches of the self-incompatible mating system. Considering the high demographic density of the species and size of the study area, as well as the high average number of alleles per locus and the presence of rare alleles, we believe that the study population is an excellent resource for in situ genetic conservation of T. speciosum. The study area is also a useful resource for collecting germplasm for ex situ conservation and seed collection, either for breeding programs used in the restoration of degraded areas or forest improvement. Rev. Biol. Trop. 64 (3): 1091-1099. Epub 2016 September 01.

ResumenLa cuantificación de la estructura de la diversidad genética e genética intrapoblacional espacial (SGS) de especies de árboles son importantes en las prácticas de conservación ex situ. En este estudio se busca determinar la importancia de las unidades de conservación mediante la cuantificación de la diversidad genética y la estructura espacial de una población natural de Theobroma speciosum. Dentro de esta población, a 49 adultos y 51 subadultos se les analizó el genotipo para cinco microsatélites loci. Los resultados mostraron que los adultos y subadultos tienen niveles similares de diversidad genética y endogamia (adultos: A= 10.4, Ae = 10.3, F= 0.68; subadultos: A= 10.6, Ae = 10.6, F= 0.57). La diversidad genética detectada fue estructurada espacialmente dentro de la población y los árboles vecinos hasta una distancia de 70 m estaban probablemente relacionados. Esta SGS es probablemente el resultado de la dispersión de semillas de corta distancia. El establecimiento de unidades de conservación permanentes como el Parque Nacional Juruena mostró que las áreas de conservación son herramientas valiosas en la preservación de la diversidad genética en las poblaciones naturales. Debido a la alta densidad demográfica de la especie y el tamaño del área de estudio, así como el elevado número promedio de alelos por locus y la presencia de alelos raros, creemos que la población de estudio es un excelente recurso para la conservación genética in situ de T. speciosum y también es un recurso útil de germoplasma para la recolección de conservación ex situ y la semilla, ya sea para programas de mejoramiento utilizados en la restauración de áreas degradadas o mejora de los bosques.

Especies de Candida aisladas de muestra vaginal y orina de pacientes oncológicos del Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (INEN), Lima, Perú. Genotipificación de Candida albicans / Candida species isolated from urine and vaginal samples from cancer patients treated at the National Institute of Neoplastic Diseases (INEN), Lima, Peru. Fingerprinting of Candida albicans

Introducción: Candida albicans sigue siendo la levadura aislada con mayor frecuencia en pacientes inmunodeprimidos. El análisis del ADN polimórfico amplificado al azar es usado para evaluar la similitud entre cepas de una misma especie y asociar genotipos particulares a caracteres fenotípicos de los aislados. Objetivo: Determinar la variabilidad genética entre cepas de C. albicans aisladas de muestras de orina y vaginal de pacientes oncológicos portadores de catéter urinario, hospitalizados en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (INEN) en Lima. Material y Métodos: En seis meses de vigilancia, se buscaron cepas de levaduras de muestras de orina e hisopado vaginal, caracterizándolas fenotipicamente según los métodos convencionales en micología médica y la susceptibilidad antifúngica por método de difusión en agar. El ADN extraído de las cepas de C. albicans se genotipificó por el método Random Amplified Polymorphic DNA o RAPD, usando tres partidores arbitrarios en forma independiente, generando dendrogramas de similitud para su análisis. Resultados: En el período estudiado de 60 pacientes se aislaron 15 cepas de C. albicans y 2 de C. glabrata, de orina (13) e hisopado vaginal (4). Todas las cepas fueron susceptibles a Anfotericina B, itraconazol, fluconazol y voriconazol. El dendrograma evidenció variabilidad genética entre los aislados de C. albicans y registró dos ramas con índice de similitud (Sab) sobre 90% entre cinco cepas relacionadas por tipo de muestra y servicio de hospitalización, sugiriendo un probable brote. Conclusiones: Este estudio evidenció variabilidad genética entre las cepas de C. albicans, asì como un posible brote de levaduras en pacientes con cáncer atendidos en el INEN en Lima, Perú.

Genetic variability of the Common Snook Centropomus undecimalis (Perciformes: Centropomidae) in connected marine and riverine environments / Variabilidad genética del robalo común Centropomus undecimalis (Perciformes: Centropomidae) en ambiente marino y ribereño interconectados

The Common Snook, Centropomus undecimalis, inhabits riverine and marine areas of Southern Gulf of Mexico, where it is subject to intense use and exploitation. It has been reported that the genetic identification of fish stocks constitutes a valuable tool for wild population management; nevertheless, there is no available information on the genetic identification on fish stocks of this species in the region. The aim of this study was to determine the genetic relationship between C. undecimalis captured in marine and freshwater environments of the Gulf of Mexico and the San Pedro River. For this, muscle tissue samples of 79 specimens were obtained from areas located more than 300km apart. The genotype of each individual was determined using seven microsatellite primer pairs. Five primers amplified efficiently presenting between six and 28 alleles per locus. High levels of heterozygosis were observed in samples from both environments. Deviation from HWE due to an excess of heterozygotes was observed. The values of genetic difference indicate an absence of population structure (F ST=0.0075 and R ST=0.016, p=0.051) and similarity in the allele frequencies, defined by Nei’s index (0.805). Data showed the existence of a high gene flow due to the number of migrants (Nm=18.7). Our results suggest that individuals living in these environments belong to the same genetic population. We suggest the development of management and protection plans for this fish species population in the wild. Rev. Biol. Trop. 62 (2): 627-636. Epub 2014 June 01.

El robalo común Centropomus undecimalis habita en áreas ribereñas y marinas del sur del Golfo de México donde es sujeto a explotación intensiva. Aunque la identificación de las poblaciones de peces representa una valiosa herramienta para el manejo de las poblaciones silvestres, no hay información disponible para identificar genéticamente las poblaciones de peces de esta especie en la región. El objetivo de este estudio fue determinar la relación genética entre C. undecimalis capturado en ambiente marino y dulceacuícola del Golfo de México y río San Pedro. Muestras de tejido muscular de 79 individuos fueron obtenidas en áreas separadas por más de 300km. El genotipo de cada individuo fue determinado usando siete pares de cebadores microsatélites. Cinco cebadores amplificaron eficientemente presentando entre seis y 28 alelos por locus. Altos niveles de heterocigosidad se observaron en las muestras de ambos ambientes. Se observó desviación del equilibrio HW debido a exceso de heterocigotos. Los valores de diferenciación genética indican ausencia de estructuración poblacional F ST (0.0075) y R ST (0.016, p=0.051) y similitud en las frecuencias alélicas definidas por el índice de Nei (0.805). Los datos mostraron elevado flujo genético debido al número de migrantes (Nm=18.7). Estos resultados sugieren que los individuos en estos ambientes provienen de la misma población genética. La información obtenida en este estudio, por lo tanto contribuirá con elementos que pueden ser considerados en el desarrollo de programas de manejo y protección de las poblaciones de peces silvestres.

Os marcadores moleculares em peixes e suas aplicações em publicações da base de dados do Scielo / The molecular markers of fishes in the publications of Scielo database / Los marcadores moleculares en peces y sus aplicaciones en publicaciones de la base de datos de Scielo

Dentre as principais técnicas de análise genética, o emprego de marcadores moleculares tem exercido um papel representativo nos últimos anos. Essas ferramentas têm sido constantemente utilizadas para a resolução de problemas taxonômicos, no melhoramento genético de espécies, nos estudos de variações do genoma, na análise filogenética e evolutiva, na verificação de polimorfismo nas populações entre outros. Visando analisar a contribuição dos marcadores moleculares para a ictiologia e apontar possíveis direções para o desenvolvimento de sua utilização, o objetivo deste trabalho foi verificar os principais marcadores moleculares, assim como, o objetivo de sua utilização em artigos presentes na base de dados do Scielo.org. Entre os resultados destaca-se a utilização predominante dos marcadores do tipo RAPD e entre os objetivos da utilização dos marcadores, a análise de variabilidade genética. Os resultados apontam para a escassa utilização de marcadores no melhoramento genético e manejo de peixes, indicando uma possibilidade inexplorada com grande potencial para o desenvolvimento da ictiologia.

Among the genetic analysis techniques, the use of molecular markers has had a representative role in recent years. These tools have been often used for the resolution of taxonomic problems, genetic breeding of species, genetic variation studies, evolutionary and phylogenetic analysis, populations polymorphism verification, among others. Focusing on analyzing the contribution of molecular markers for ichthyology and on identifying possible directions for its use and development, the objective of this study was to verify the use of molecular markers as well as its use purpose in articles from Scielo database. The results show prevalent use of RAPD markers and the most recurrent objective was genetic variability analysis. It also points out the lack use of genetic markers for genetic breeding and fish management, indicating an unexplored area with a great potential for ichthyology development.

Entre las principales técnicas de análisis genéticos, el uso de marcadores moleculares ha tenido un papel representativo en los últimos años. Esas herramientas han sido utilizadas constantemente para resolver problemas taxonómicos, en mejoramiento genético de especies, en los estudios de variaciones del genoma, en el análisis filogenético y evolutivo, en la verificación de polimorfismo en las poblaciones, entre otros. Con el objetivo de analizar la contribución de los marcadores moleculares para la ictiología y señalar posibles direcciones para el desarrollo de su uso, el objetivo de este estudio fue verificar los principales marcadores moleculares, así como el propósito de su uso en artículos presentes en la base de datos de Scielo.org. Entre los resultados se destaca el uso predominante de los marcadores del tipo RAPD y entre los objetivos de utilización de los marcadores, el análisis de variabilidad genética. Los resultados apuntan para la escasa utilización de marcadores en el mejoramiento genético y manejo de peces, lo que indica una posibilidad aún no explotada con gran potencial para el desarrollo de la ictiología.